真核生物

NARの2006年のDatabase IssueにEukaryotic genome size databasesという論文があり，以下のデータベースを紹介していました．

pplacerとは

pplacerはメタゲノムデータ中にどのような種が多いかを可視化・比較するツールです．

Beta Science: Please don’t use Clustal for tree construction!という短いブログ記事を見つけました．

この記事では，CufflinksおよびCuffdiffの--library-norm-methodオプションで指定できる，ライブラリサイズの正規化法の違いについて述べています．

マルチリードについて

ゲノム上の複数箇所にマップされたリードをmultiple mapped reads, multi-reads, reads with multiple hits などと呼びます． もしくは，一つのリードに対して複数のアラインメントが出力されるもの，とも言えます．

samtools rmdup について

samtools rmdupは，potential PCR duplicates を除くのによく使われる便利なツールです．

git, ruby, octopress などのインストール

こちらのブログを参考にしました．