Publications

Peer-reviewed Papers

(* Equal contributions; # Correspondence)

17.
Hiroyasu Wakida, Kentaro Kawata, Yuta Yamaji, Emi Hattori, Takaho Tsuchiya, Youichiro Wada, Haruka Ozaki, Nobuyoshi Akimitsu.
Stability of RNA sequences derived from the coronavirus genome in human cells.
Biochemical and Biophysical Research Communications, 527: 4, 993-999 (2020)
[Press release] [PMC Free Full Text]

16.
Haruka Ozaki#, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, and Itoshi Nikaido.
Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets.
BMC Genomics 21, 177 (2020)
[Press release]

15.
Hirotaka Matsumoto, Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Koki Tsuyuzaki, Mana Umeda, Tsuyoshi Iida, Masaya Nakamura, Hideyuki Okano, Itoshi Nikaido.
An NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data.
NAR Genomics and Bioinformatics, 2: 1, lqz020 (2020)

14.
Eli Kaminuma, Yukino Baba, Masahiro Mochizuki, Hirotaka Matsumoto, Haruka Ozaki, Toshitsugu Okayama, Takuya Kato, Shinya Oki, Takatomo Fujisawa, Yasukazu Nakamura, Masanori Arita, Osamu Ogasawara, Hisashi Kashima, Toshihisa Takagi.
DDBJ Data Analysis Challenge: a machine learning competition to predict Arabidopsis chromatin feature annotations from DNA sequences.
Genes & Genetic Systems. 96: 1, 43-50 (2020)

13.
Hikari Yoshitane, Yoshimasa Asano, Aya Sagami, Seinosuke Sakai, Yutaka Suzuki, Hitoshi Okamura, Wataru Iwasaki, Haruka Ozaki, Yoshitaka Fukada.
Functional D-box sequences reset the circadian clock and drive mRNA rhythms.
Communications Biology, 2:300 (2019)
[Press release]

12.
Mio Takeuchi*, Haruka Ozaki*, Satoshi Hiraoka, Yoichi Kamagata, Susumu Sakata, Hideyoshi Yoshioka, Wataru Iwasaki.
Possible cross-feeding pathway of facultative methylotroph Methyloceanibacter caenitepidi Gela4 on methanotroph Methylocaldum marinum S8.
PLoS ONE, 14(3): e0213535 (2019)

11.
Tetsutaro Hayashi*, Haruka Ozaki*, Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Mana Umeda and Itoshi Nikaido.
Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs.
Nature Communications, 9:619 (2018)
[Press release]

10.
Marty Kwok Shing Wong, Takehiro Tsukada, Nobuhiro Ogawa, Supriya Pipil, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, Yoshio Takei.
A sodium binding system alleviates acute salt stress during seawater acclimation in eels.
Zoological Letters, 3:22 (2017)

9.
Yoshio Takei, Marty Kwok-Shing Wong, Supriya Pipil, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, and Makoto Kusakabe.
Molecular mechanisms underlying active desalination and low water permeability in the esophagus of eels acclimated to seawater.
American Journal of Physiology - Regulatory, Integrative and Comparative Physiology, 312: R231–R244 (2017)

8.
Hideki Terajima, Hikari Yoshitane, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Shigeki Shimba, Shinya Kuroda, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada.
ADARB1 catalyzes circadian A-to-I editing and regulates RNA rhythm.
Nature Genetics, 49, 146–151 (2017)

7.
Marty Kwok Shing Wong, Supriya Pipil, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, and Yoshio Takei.
Flexible selection of diversified Na+/K+-ATPase α-subunit isoforms for osmoregulation in teleosts.
Zoological Letters, 2:15 (2016)

6.
Haruka Ozaki# and Wataru Iwasaki.
MOCCS: clarifying DNA-binding motif ambiguity using ChIP-Seq data.
Computational Biology and Chemistry, 63, 62-72 (2016)
[preprint]

5.
Hirotsugu Ishizu, Yuka W. Iwasaki, Shigeki Hirakata, Haruka Ozaki, Wataru Iwasaki, Haruhiko Siomi, Mikiko C. Siomi.
Somatic Primary piRNA Biogenesis Driven by cis-Acting RNA Elements and Trans-Acting Yb.
Cell Reports, 12, 1–12 (2015)

4.
Marty Kwok-Shing Wong, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, Yoshio Takei.
Discovery of osmotic sensitive transcription factors in fish intestine via a transcriptomic approach.
BMC Genomics, 15:1134 (2014)

3.
Shotaro Hirase*, Haruka Ozaki* , Wataru Iwasaki.
Parallel selection on gene copy number variations through evolution of three-spined stickleback genomes.
BMC Genomics, 15:735 (2014)

2.
Hikari Yoshitane*, Haruka Ozaki*, Hideki Terajima*, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada.
CLOCK-controlled polyphonic regulations of circadian rhythms through canonical and noncanonical E-boxes, Molecular and Cellular Biology, 34(10):1776 (2014).
[Press release (Japanese)]

1.
Tsukasa Fukunaga, Haruka Ozaki, Goro Terai, Kiyoshi Asai, Wataru Iwasaki, and Hisanori Kiryu.
CapR: revealing structural specificities of RNA-binding protein target recognition using CLIP-seq data.
Genome Biology, 15:R16 (2014)

Preprints

• Fumi Minoshima, Haruka Ozaki, Hiroaki Tateno.
  Integrated analysis of glycan and RNA in single cells.
  bioRxiv. (2020)
• Koichi Mori, Haruka Ozaki, Tsukasa Fukunaga.
  MotiMul: A significant discriminative sequence motif discovery algorithm with multiple testing correction. bioRxiv. (2020)

Books

• 『次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第２版』 秀潤社.（共著）

Other publications

• 尾崎遼. 厳選！ラボ活性化ツール〜Slack, appear.in, Google Drive, esa, GitHub, 実験医学 Vol.37 No.14 (2019)
• 二階堂愛, 林哲太郎, 尾崎遼, 梅田 茉奈. シングルセル解析の新たな計測技術を開発, Natureダイジェスト Vol. 15 No. 5 (2018)
• 堀之内貴明, 尾崎遼, 大上雅史. 生命情報科学若手の会,「日本の AI 元気な若手の動き」, 人工知能 32巻2号 (2017)
• 岩崎渉, 尾崎遼. NGSデータ解析. 実験医学 Vol.32 No.20 (2014)
• 尾崎遼, 岩崎渉. ENCODEプロジェクトで明らかになったこと. 細胞工学 Vol.32 No.1 (2013)

Oral presentations

Oral presentations: International Conferences / Meetings

• Haruka Ozaki. Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Itoshi Nikaido. Inferring activity and targets of enhancers in single cells through single-cell enhancer RNA analysis.
  ICSB2019. OIST, Onna, Okinawa, Japan. (2019/11/04)
• [Invited] Haruka Ozaki. Inferring activity and targets of enhancers in single cells through single-cell enhancer RNA analyses.
  International Workshop for Systems Genetics 2018. Hotel Gajoen, Tokyo, Japan. (2018/11/19)
• Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Mana Umeda and Itoshi Nikaido, Single-cell enhancer RNA analysis in mouse embryonic stem cells.
  NIG International Symposium 2017 - Commemorating the 30th Anniversary of DDBJ. MISHIMA Citizens Cultural Hall, Mishima, Shizuoka. (2017/05/29)
• Haruka Ozaki and Wataru Iwasaki. MOCCS: clarifying DNA-binding motif ambiguity using ChIP-Seq data.
  The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2016). San Francisco Bay Area, United States. (2016/01/13)

Oral presentations: Japanese Conferences / Meetings

• [Invited] 尾崎遼. NGSデータ解析のワークフロー記述とロボット実験への応用
  Laboratory Automation Developers Conference 2020 (LADEC2020). Online. (2020/10/03)
• Haruka Ozaki. Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets.
  IIBMP2020. Online. (2020/09/01)
• Haruka Ozaki. Single-cell RNA sequencing analysis and unexplored biodiversity.
  ワークショップ「DNAビッグデータで解き明かす未知の生物多様性」, MBSJ2019. 博多, 福岡. (2019/12/03)
• [Invited] 尾崎　遼. Millefy によるリードカバレージの細胞間不均一性の可視化.
  シングルセルゲノミクス研究会2019. 柏の葉カンフェレンスセンター, 柏市, 千葉. (2019/08/30)
• 尾崎遼. mRNAとエンハンサーRNA のシングルセル同時測定.
  RNAフロンティアミーティング2019. IBM 天城ホームステッド, 伊豆, 静岡. (2019/09/26)
• 尾崎遼. 1細胞トランスクリプトーム解析のバイオインフォマティクス.
  JPrOS2019 JES2019. シーガイアコンベンションセンター, 宮崎. (2019/07/26)
• 尾崎遼. シングルセルRNAシーケンス解析から考える環境DNA研究の展望.
  シンポジウム ME03「環境DNA研究のフロンティア：生態学と分子生物学からのアプローチ」, 日本生態学会第66回全国大会. 神戸国際会議場, 神戸市, 兵庫. (2019/03/19)
• 尾崎遼. 一細胞RNAシーケンス法に基づく細胞集団構造の発見.
  第15回 研究部会連合発表会 日本応用数理学会. 筑波大学, つくば, 茨城. (2019/03/05)
• 尾崎遼. バイオインフォマティクスによる生命現象の定量化とゲノムの機能の理解.
  第１回ゲノム・分子進化・構造の会. 筑波大学サテライトオフィス, つくば, 茨城. (2019/02/08)
• 尾崎遼. 遺伝子発現とエンハンサー活性のシングルセル同時測定.
  定量生物学の会 第九回年会. 大阪大学吹田キャンパス 銀杏会館, 吹田市, 大阪. (2019/01/13)
• 尾崎遼. エンハンサーは遺伝子発現の 細胞間不均一性を駆動するか?.
  生命科学系フロンティアミーティング2018. 国立遺伝学研究所, 三島, 静岡. (2018/10/05)
• [Invited] 尾崎　遼. （サイトメトリー研究者のための)１細胞オミクス計測データ解析のフロンティア.
  第28回日本サイトメトリー学会学術集会. 東京医科歯科大学, 東京. (2018/05/27)
• 尾崎遼, 林哲太郎, 笹川洋平, 團野宏樹, 梅田茉奈, 二階堂愛. 一細胞トータルRNAシーケンス法RamDA-seqによる一細胞エンハンサーRNA解析.
  RNAフロンティアミーティング 2017. 延暦寺会館, 大津, 滋賀. (2017/11/08)
• 尾崎遼, 林哲太郎, 笹川洋平, 團野宏樹, 梅田茉奈, 二階堂愛. 一細胞エンハンサーRNA解析による細胞間不均一性の理解.
  第９回生命情報科学若手の会. 西浦温泉ホテルたつき, 蒲郡, 愛知. (2017/10/16)
• 尾崎遼. 一細胞エンハンサーRNA解析による転写制御の理解とそのためのデータ解析技術.
  第6回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2017). 北海道大学, 札幌, 北海道. (2017/09/27)
• Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Mana Umeda and Itoshi Nikaido. Single cell analysis of enhancer RNAs.
  RIKEN Epigenetics 2017 in Tsukuba, RIKEN Tsukuba Institute, Tsukuba, Ibaraki. (2017/02/16)
• Haruka Ozaki, Hikari Yoshitane, Hideki Terajima, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Yoshitaka Fukada, Wataru Iwasaki. MOCCS: a bioinformatic method to enumerate DNA-binding motifs from ChIP-Seq data.
  第37回日本分子生物学会年会. パシフィコ横浜, 横浜, 神奈川. (2014/11/26)
• Haruka Ozaki, Marty Wong, Yoshio Takei, Wataru Iwasaki. What underlies repeated gains and losses of osmoregulatory abilities in teleost fishes?. 生命情報科学若手の会 第5回研究会. 東京大学検見川セミナーハウス, 検見川, 千葉. (2014/2/17)
• 尾崎遼, 露崎弘毅, 横山貴央. Excelによる遺伝子名の誤変換 -傾向と対策-.
  日本バイオインフォマティクス学会2013年年会・生命医薬情報学連合大会. タワーホール船堀, 東京. (2013/10/31)
• 尾崎遼, 岩崎渉, 高木利久. メタゲノムデータの比較をab initioに行う手法の開発. 第７回日本ゲノム微生物学会年会. 長浜バイオ大学, 長浜, 滋賀. (2013/3/8) 尾崎遼, 岩崎渉, 高木利久. メタゲノムデータの比較をab initioに行う手法の開発.
  生命情報科学若手の会 第４回研究会. 岡崎コンフェレンスセンター, 岡崎, 愛知. (2013/3/1-3)
• 尾崎遼. ENCODE Projectで何がわかったのか.
  第32回 GCOE談話会, 東京大学柏キャンパス, 柏, 千葉. (2012/10/1)

Poster presentations

Poster presentations: International Conferences / Meetings

• Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Itoshi Nikaido. Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets.
  EMBO Workshop for Single Cell Biology. Plaza Heisei, Tokyo, Japan. (2019/05/20)
• Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Mana Umeda and Itoshi Nikaido. Single-cell enhancer RNA analysis in mouse embryonic stem cells using RamDA-seq.
  ISMB/ECCB 2017. Prague Congress Centre, Prague, Czech Republic. (2017/07/21)
• Haruka Ozaki and Itoshi Nikaido. ATAC2NET: A pipeline for reconstructing gene regulatory network based on ATAC-Seq data.
  15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016). World forum convention center, The Hague, Netherlands. (2016/09/03-07)
• Haruka Ozaki, Marty Wong, Yoshio Takei, Wataru Iwasaki. Investigation on evolution of osmoregulation mechanism of euryhaline fish by using temporal RNA-seq analsysis.
  International Workshop OIST Hands-on training at OIST: Practical course on analysis of high throughput (HTSA 2013). OIST, Onna, Okinawa. (2013/9/29)

Poster presentations: Japanese Conferences / Meetings

• 尾崎遼. エンハンサーは遺伝子発現の細胞間不均一性を駆動するか?.
  生命科学系フロンティアミーティング2018. 国立遺伝学研究所, 三島, 静岡. (2018/10/05)
• Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda and Itoshi Nikaido. Millefy: genome broweser-like visualization for single-cell RNA-seq data sets.
  IIBMP2018, Tsuruoka, Yamagata. (2018/09/19-21)
• 尾崎 遼, 林 哲太郎, 笹川 洋平, 團野 宏樹, 梅田 茉奈, 二階堂 愛. 一細胞エンハンサーRNA解析でエンハンサーのゆらぎを捉える.
  NGS現場の会 第５回研究会. 仙台国際センター, 仙台, 宮城. (2017/05/22)
• Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Mana Umeda and Itoshi Nikaido. Single cell analysis of enhancer RNAs.
  RIKEN Epigenetics 2017 in Tsukuba. RIKEN Tsukuba Institute, Tsukuba, Ibaraki. (2017/02/16-17)
• 尾崎遼, 二階堂愛. クロマチンアクセシビリティ測定に基づく遺伝子制御ネットワークの再構築.
  第10回日本エピジェネティクス研究会年会. 千里ライフサイエンスセンター, 豊中, 大阪. (2016/05/19-20)
• Haruka Ozaki and Itoshi Nikaido. Prediction of functional enhancers by statistical modeling of gene expression and epigenomic data.
  IIBMP 2015. 京都大学, 宇治, 京都. (2015/10/29)
• 尾崎遼, 岩崎渉. ChIP-SeqデータからDNAモチーフを抽出するMOCCSとその応用.
  NGS現場の会 第4回研究会. つくば国際会議場, つくば, 茨城. (2015/07/01)
• 尾崎遼, 二階堂愛. 深層学習技術による新規クロマチン状態の探索.
  第１回 理化学研究所・産業技術総合研究所共同シンポジウム. 産業技術総合研究所 臨海副都心センター別館, お台場, 東京. (2015/6/29)
• Haruka Ozaki, Hikari Yoshitane, Hideki Terajima, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Yoshitaka Fukada, Wataru Iwasaki. MOCCS: a bioinformatic method to enumerate DNA-binding motifs from ChIP-Seq data.
  第37回日本分子生物学会年会. パシフィコ横浜, 横浜, 神奈川. (2014/11/26)
• 尾崎遼, Marty Wong, 竹井祥郎, 岩崎渉. 遠縁種の比較トランスクリプトームによる魚の海水適応の分子基盤探索.
  生命情報科学若手の会第6回研究会. 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター（理研CDB）, 神戸, 兵庫. (2014/10/29)
• 尾崎遼, Marty Wong, 竹井祥郎, 岩崎渉. 進化解析とトランスクリプトーム解析で迫る真骨魚類の塩適応能力の進化的基盤.
  第14回 東京大学生命科学シンポジウム（BIO UT）. 東京大学本郷キャンパス, 東京. (2014/4/26)
• Haruka Ozaki, Marty Wong, Yoshio Takei, Wataru Iwasaki. Investigation on the evolution of osmoregulation mechanism of teleost fishes.
  グローバルCOE「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」ワークショップ2013. 東京大学柏キャンパス, 柏, 千葉. (2014/03/20)
• Haruka Ozaki, Marty Wong, Yoshio Takei, Wataru Iwasaki. What underlies repeated gains and losses of osmoregulatory abilities in teleost fishes?
  生命情報科学若手の会第5回研究会. 東京大学検見川セミナーハウス, 検見川, 千葉. (2014/02/17-19)
• Haruka Ozaki, Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi. Investigation on transcription factor binding mechanism by enumerating DNA-binding motifs from ChIP-Seq data.
  第36回日本分子生物学会年会, 神戸ポートアイランド, 神戸, 兵庫. (2013/12/04)
• 尾崎遼, Marty Wong, 竹井祥郎, 岩崎渉. トランスクリプトーム時系列解析で迫る広塩性魚の浸透圧調整メカニズムの進化.
  次世代シークエンサー現場の会第三回研究会. 神戸国際会議場, 神戸, 兵庫. (2013/9/4)
• 尾崎遼, 岩崎渉, 高木利久. メタゲノムデータの比較を ab initio に行う手法の開発.
  第７回日本ゲノム微生物学会年会. 長浜バイオ大学, 長浜, 滋賀. (2013/03/08)
• 尾崎遼, 岩崎渉, 高木利久. メタゲノムデータの比較を ab initio に行う手法の開発.
  生命情報科学若手の会 第４回研究会, 岡崎コンフェレンスセンター, 岡崎, 愛知. (2013/03/01)
• 尾崎遼, 岩崎渉, 高木利久. ChIP-Seqデータからの結合モチーフの列挙.
  グローバルCOE「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」ワークショップ2012. 東京大学柏キャンパス, 柏, 千葉. (2012/11/2)
• Haruka Ozaki, Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi. Enumerating DNA-binding motifs from ChIP-seq data.
  Bioinformatics week in Odaiba 2012 (BiWO2012). 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター, お台場, 東京. (2012/10/31-11/1)
• Haruka Ozaki, Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi. Enumerating DNA-binding motifs from ChIP-seq data.
  2012年日本バイオインフォマティクス学会年会（生命医薬情報学連合大会）. タワーホール船堀, 東京. (2012/10/15-17)
• 尾崎遼. mRNA-seqデータを用いたRNAエディティング検出手法の検討.
  次世代シークエンサー現場の会第二回研究会. ホテル阪急エキスポパーク, 吹田, 大阪. (2012/5/24)
• 尾崎遼. NGSを用いた転写制御の時系列解析.
  次世代シークエンサー現場の会第一回研究会. 熱海ニューフジヤホテル, 熱海, 静岡. (2011/5/28)

Educational talks

• 尾崎遼. シングルセルRNA-seq解析の基礎からRなどを用いた解析手法.
  情報機構セミナー. 東京. (2019/08/26)
• 尾崎遼. NGSデータから新たな知識を導出するためのデータ解析リテラシー.
  統合データベース講習会：AJACS浜松. 浜松医科大学臨床講義棟, 浜松, 静岡. (2018/01/17)
• 尾崎遼. NGSデータから新たな知識を導出するための高次解析.
  統合データベース講習会：AJACS京都２. 京都大学医学・生命科学総合研究棟, 京都, 京都. (2016/09/02)
• 尾崎遼. RでできるRNA-seq, ChIP-seq解析.
  第7回 Kashiwa.R バイオ実験系ラボ支援回. 東京理科大学野田キャンパス, 野田, 千葉. (2013/03/19)