Beta Science: Please don’t use Clustal for tree construction!という短いブログ記事を見つけました．

まとめると，

• 「Clustalで系統樹描きました」じゃなくて，どの方法で系統樹描いたかまで答えられるようにしといてほしい
• そもそもClustalのインターフェースで提供されている系統樹推定手法（NJ法？）はそんなに良くない
• もはや，より高速なMuscleなどが出ているので，多くの人はマルチプルアラインメントにすらClustalを使わない
• 多くの人は系統樹推定に最尤法やベイズ法を用いた手法を使う（PhyMLやMr.Bayesなど）
• Robust Phylogenetic Analysis For The Non-Specialistが参考になる

また，ClustalWはguide treeという樹形図を計算の過程で構築しますが，これは系統樹ではありません．