Haruka OZAKI, Ph.D. / 尾崎 遼
理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット 基礎科学特別研究員
Special Postdoctoral Researcher at Bioinformatics Research Unit, Advanced Center for Computing and Communication, RIKEN

情報生命科学的観点からバイオインフォマティクスを用いて、オミクス技術により生み出される大量データから新たな生物学的仮説・解釈を引き出す方法論の確立を目指しています。

Computational biology, Bioinformatics, Epigenetics, Omics biology, Evolutionary biology

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News

2017.06.03 NIG International Symposium 2017 にて “Single-cell enhancer RNA analysis in mouse embryonic stem cells” という演題で口頭発表をしました。

2017.05.25 NGS現場の会 第5回研究会にて「一細胞エンハンサーRNA解析でエンハンサーのゆらぎを捉える」という題でポスター発表を行いました。

2017.01.16 生命情報科学若手の会を紹介した共著記事を寄稿し、人工知能学会の学会誌「人工知能」の小特集「日本のAI 元気な若手の動き」に掲載されました。

2017.01.16 RIKEN Epigenetics 2017 in Tsukuba にて口頭発表を行いました。
I made a oral presentation in RIKEN Epigenetics 2017 in Tsukuba.

2016.11.29 東京大学理学系研究科生物科学専攻深田研究室の吉種さん・寺嶋さんとの共同研究の論文がNature Geneticsより公開されました。この研究では、RNA修飾酵素であるADARB1 (ADAR2) がRNAエディティングとmRNA量の24時間周期の変動を制御することが明らかにされました。尾崎はRNA-seqデータ解析、特にRNAエディティングの解析を担当しました。 Our collaborative work has been published on Nature Genetics: ADARB1 catalyzes circadian A-to-I editing and regulates RNA rhythm.

2016.09.03 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016) にて、「ATAC2NET: A pipeline for reconstructing gene regulatory network based on ATAC-Seq data.」ポスター発表をしました。 I made a poster presentation entitled “ATAC2NET: A pipeline for reconstructing gene regulatory network based on ATAC-Seq data.” at 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016).

2016.08.08 東京大学大気海洋研究所のMarty Wong特任助教との、Na+/K+-ATPase (NKA) の真骨魚類における進化に関する共同研究の論文 Flexible selection of diversified Na+/K+-ATPase α-subunit isoforms for osmoregulation in teleosts がZoological Lettersから出版されました。尾崎はニホンウナギのトランスクリプトームアセンブリ、および、メダカとニホンウナギのRNA-Seq解析を担当しました。Our paper with my collaborators on diversification of Na+/K+-ATPase in teleosts has been published on Zoological Letters. NKAはイオントランスポーターの一種で、浸透圧調整に重要な役割を果たします。多様な浸透圧環境に適応してきた真骨魚類ではNKAのアイソフォームが多数存在しますが、それらの機能が真骨魚類の系統を通じて保存されているかは定かではありませんでした。本論文では、淡水から海水への移行時の時系列遺伝子発現解析と分子系統解析を組み合わせることで、海水適応時に働くNKAのアイソフォームが真骨魚類の系統間で異なることを明らかにしました。

2016.05.20 第10回日本エピジェネティクス研究会年会にて「クロマチンアクセシビリティ測定に基づく遺伝子制御ネットワークの再構築」という演題でポスター発表をしました。 I made a poster presentation at the 10th Annual Meeting of the Japanese Society for Epigenetics.

2016.04.15 ChIP-Seq用のDNAモチーフ発見手法 MOCCSをCLIP-SeqなどRNA結合タンパク質のデータにも対応できるようアップデートしました。 I have updated MOCCS, software to find DNA-binding motifs using ChIP-Seq data, to find motifs for RNA-binding proteins (RBPs) using RBP-bidning assay data (e.g. CLIP-Seq). You can download MOCCS from GitHub.

2016.04.15 理化学研究所の基礎科学特別研究員に採用されました。 I’ve been selected as a Special Postdoctoral Researcher at RIKEN (fellowship program).

2016.03.06 ChIP-Seq用のDNAモチーフ発見手法 MOCCSのソフトウェア論文が Computational Biology and Chemistry誌からオンラインで公開されました。 ソフトウェアはGitHubからダウンロードできます。

2016.01.13 バイオインフォマティクスの国際会議 APBC 2016 にて、ChIP-Seq用のDNAモチーフ発見ソフトウェア MOCCS について口頭発表をおこないました。

2015.07.10 前の所属で携わった共同研究の成果がCell Reportsのオンライン版から公開されました。東大・生物化学・塩見研と共同研究で、piRNAの生合成に関与するシス因子とトランス因子を報告したものです。尾崎は配列解析とCLIP-Seqデータ解析の一部を担当しました。

2015.07.02 NGS現場の会第四回研究会にて、MOCCSについてポスター発表をしました。

2015.04.01 本年度から理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット(二階堂愛ユニットリーダー)にて特別研究員として、バイオインフォマティクス技術に関する研究を行います。

2015.03.24 博士後期課程を修了しました(博士(科学))。大学院での5年間を通じて多くの方々にお世話になりました。この場を借りて感謝申し上げます。

2014.12.24 東京大学大気海洋研究所のMarty Wong特任助教・竹井祥郎教授との共同研究により、真骨魚類の海水適応に関連する新規遺伝子に関する論文がBMC Genomicsに掲載されました。メダカの海水移行時の時系列RNA-Seqデータを解析することにより、海水に応答する転写因子を明らかにしました。尾崎はデータ解析の一部を担当しました。

2014.11.26 分子生物学会年会で口頭発表をしました。

2014.08.29 東京大学大気海洋研究所の平瀬さんと尾崎が筆頭著者のイトヨの遺伝子コピー数変異の平行進化に関する論文がBMC Genomicsに掲載されました。イトヨの全ゲノムシーケンスデータを用いて、世界各地で独立に起こったイトヨの淡水進出において特定の遺伝子コピー数変異が選択を受けた可能性を示唆しました。

2014.05.14 UTokyo ResearchにてMCBの論文に関するプレスリリースが公開されました。

2014.04.24 MCBのArticles of Significant Interest Selected from This Issue by the Editorsにて、先日出版された哺乳類の体内時計に関する論文で開発したMOCCSが紹介されました。

2014.03.05 哺乳類の体内時計に関する論文がオンラインで出版されました。
尾崎はバイオインフォマティクスの面から、NGSデータ解析全般を担当しました。また、ChIP-seqのデータから転写因子の認識配列を正確に抽出できる手法”MOCCS”を開発し、時計タンパク質CLOCKのDNAへの結合に対するnon-canonicalな認識配列の重要性を示しました。