ゲノムサイズのデータベース
真核生物
NARの2006年のDatabase IssueにEukaryotic genome size databasesという論文があり,以下のデータベースを紹介していました.
Computational biolology & Bioinformatics
NARの2006年のDatabase IssueにEukaryotic genome size databasesという論文があり,以下のデータベースを紹介していました.
pplacer
はメタゲノムデータ中にどのような種が多いかを可視化・比較するツールです.
Beta Science: Please don’t use Clustal for tree construction!という短いブログ記事を見つけました.
この記事では,CufflinksおよびCuffdiffの--library-norm-method
オプションで指定できる,ライブラリサイズの正規化法の違いについて述べています.
ゲノム上の複数箇所にマップされたリードをmultiple mapped reads, multi-reads, reads with multiple hits などと呼びます. もしくは,一つのリードに対して複数のアラインメントが出力されるもの,とも言えます.
samtools rmdup
は,potential PCR duplicates を除くのによく使われる便利なツールです.
こちらのブログを参考にしました.