系統樹を描くのにClustalWを使うな
Beta Science: Please don’t use Clustal for tree construction!という短いブログ記事を見つけました.
まとめると,
- 「Clustalで系統樹描きました」じゃなくて,どの方法で系統樹描いたかまで答えられるようにしといてほしい
- そもそもClustalのインターフェースで提供されている系統樹推定手法(NJ法?)はそんなに良くない
- もはや,より高速なMuscleなどが出ているので,多くの人はマルチプルアラインメントにすらClustalを使わない
- 多くの人は系統樹推定に最尤法やベイズ法を用いた手法を使う(PhyMLやMr.Bayesなど)
- Robust Phylogenetic Analysis For The Non-Specialistが参考になる
また,ClustalW
はguide treeという樹形図を計算の過程で構築しますが,これは系統樹ではありません.
Written on August 6, 2013