Haruka Ozaki, Ph.D. – Computational biolology & Bioinformatics

Haruka OZAKI, Ph.D. / 尾崎遼
筑波大学医学医療系生命医科学域バイオインフォマティクス分野准教授（テニュアトラック）
Associate Professor at Bioinformatics Laboratory, Faculty of Medicine, University of Tsukuba

情報生命科学的観点からバイオインフォマティクスを用いて、オミクス技術により生み出される大量データから新たな生物学的仮説・解釈を引き出す方法論の確立を目指しています。

現在は、(1) エピゲノムデータの情報解析技術開発、(2) 一細胞レベルでのエンハンサーRNAの研究、(3) 比較ゲノム・トランスクリプトーム解析に取り組んでいます。

Computational biology, Bioinformatics, Epigenetics, Omics biology, Evolutionary biology

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News

2019.08.11 東大理学部生物化学科深田研究室の吉種光助教、浅野吉政さんとの共著論文 Functional D-box sequences reset the circadian clock and drive mRNA rhythms （プレスリリース）が出版されました！時計タンパク質DBPとE4BP4のChIP-Seqデータから時計シス配列D-boxが機能しているゲノム領域・配列が抽出されました。尾崎は東大理学部生物情報科学科の岩崎渉准教授とともにChIP-seqデータから転写因子の結合配列を抽出するソフトウェアMOCCSの改良に関わりました。MOCCS2についてはこちらをご覧ください。

2019.03.15 産総研の竹内美緒主任研究員との共同筆頭著者論文 Possible cross-feeding pathway of facultative methylotroph Methyloceanibacter caenitepidi Gela4 on methanotroph Methylocaldum marinum S8 が PLOS ONE から公開されました。微生物によるメタンの酸化は全球的な炭素サイクルにとって重要です。その中で、メタンを酸化できるメタン酸化細菌がメタンを別の物質に変換し、その物質をメタンを直接利用できない他の細菌が利用する現象（クロスフィーディング）が起こっていると考えられています。クロスフィーディングではメタノールが受け渡されているとされていますが、それ以外の物質の関与は明らかでありませんでした。本研究では、メタン酸化細菌と通性メチル栄養細菌から成る共培養系に対し、ゲノム解析およびトランスクリプトーム解析を行うことで、従来考えられていたメタノール以外の物質（酢酸などの有機酸）がクロスフィーディングされているというモデルを提示しました。なお、共著者である海洋研究開発機構の平岡聡史さんが解読されたPacBioによる２種の完全ゲノム配列のおかげで、共培養系からシーケンスされたcDNA配列の由来種を曖昧さなく決定することができました。本研究の知見は、微生物のクロスフィーディングに関して従来よりも多様な経路を考えるべきことを示唆するものです。

2018.06.01 筑波大学医学医療系生命医科学域バイオインフォマティクス分野准教授（テニュアトラック）に着任しました。

2018.02.12 同じ研究室の林哲太郎研究員との共同筆頭著者論文 Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs が Nature Communications から公開されました。林研究員の開発した完全長一細胞トータルRNAシーケンス法「RamDA-seq」を報告した論文です。RamDA-seqは一細胞レベルでポリA型・非ポリA型RNAの両方を検出できる全く新しい原理の一細胞RNA-seq技術です。尾崎は、RamDA-seqと既存の一細胞RNA-seqの性能比較をおこなうとともに、RamDA-seqデータで初めて一細胞レベルで計測できるようになった生命現象を詳しく解析しました。その結果、細胞周期に伴うヒストンmRNA量の振動、長鎖ノンコーディングRNA Neat1 のポリA型・非ポリA型アイソフォームのダイナミクス、特殊なRNAスプライシング様式である Recursive splicing、エンハンサーの活性を反映するエンハンサーRNAの発現を一細胞レベルで捉えることができました。

2017.12.14 東京大学大気海洋研究所のMarty Wong特任研究員らとの共同研究論文 A sodium binding system alleviates acute salt stress during seawater acclimation in eels がZoological lettersから出版されました。尾崎はウナギのゲノムアノテーションおよびRNA-seq解析を担当しました。

2017.06.03 NIG International Symposium 2017 にて “Single-cell enhancer RNA analysis in mouse embryonic stem cells” という演題で口頭発表をしました。

2017.05.25 NGS現場の会第５回研究会にて「一細胞エンハンサーRNA解析でエンハンサーのゆらぎを捉える」という題でポスター発表を行いました。

2017.01.16 生命情報科学若手の会を紹介した共著記事を寄稿し、人工知能学会の学会誌「人工知能」の小特集「日本のAI 元気な若手の動き」に掲載されました。

2017.01.16 RIKEN Epigenetics 2017 in Tsukuba にて口頭発表を行いました。
I made a oral presentation in RIKEN Epigenetics 2017 in Tsukuba.

2016.11.29 東京大学理学系研究科生物科学専攻深田研究室の吉種さん・寺嶋さんとの共同研究の論文がNature Geneticsより公開されました。この研究では、RNA修飾酵素であるADARB1 (ADAR2) がRNAエディティングとmRNA量の24時間周期の変動を制御することが明らかにされました。尾崎はRNA-seqデータ解析、特にRNAエディティングの解析を担当しました。 Our collaborative work has been published on Nature Genetics: ADARB1 catalyzes circadian A-to-I editing and regulates RNA rhythm.

2016.09.03 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016) にて、「ATAC2NET: A pipeline for reconstructing gene regulatory network based on ATAC-Seq data.」ポスター発表をしました。 I made a poster presentation entitled “ATAC2NET: A pipeline for reconstructing gene regulatory network based on ATAC-Seq data.” at 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016).

2016.08.08 東京大学大気海洋研究所のMarty Wong特任助教との、Na+/K+-ATPase (NKA) の真骨魚類における進化に関する共同研究の論文 Flexible selection of diversified Na+/K+-ATPase α-subunit isoforms for osmoregulation in teleosts がZoological Lettersから出版されました。尾崎はニホンウナギのトランスクリプトームアセンブリ、および、メダカとニホンウナギのRNA-Seq解析を担当しました。Our paper with my collaborators on diversification of Na+/K+-ATPase in teleosts has been published on Zoological Letters. NKAはイオントランスポーターの一種で、浸透圧調整に重要な役割を果たします。多様な浸透圧環境に適応してきた真骨魚類ではNKAのアイソフォームが多数存在しますが、それらの機能が真骨魚類の系統を通じて保存されているかは定かではありませんでした。本論文では、淡水から海水への移行時の時系列遺伝子発現解析と分子系統解析を組み合わせることで、海水適応時に働くNKAのアイソフォームが真骨魚類の系統間で異なることを明らかにしました。

2016.05.20 第10回日本エピジェネティクス研究会年会にて「クロマチンアクセシビリティ測定に基づく遺伝子制御ネットワークの再構築」という演題でポスター発表をしました。 I made a poster presentation at the 10th Annual Meeting of the Japanese Society for Epigenetics.

2016.04.15 ChIP-Seq用のDNAモチーフ発見手法 MOCCSをCLIP-SeqなどRNA結合タンパク質のデータにも対応できるようアップデートしました。 I have updated MOCCS, software to find DNA-binding motifs using ChIP-Seq data, to find motifs for RNA-binding proteins (RBPs) using RBP-bidning assay data (e.g. CLIP-Seq). You can download MOCCS from GitHub.

2016.04.15 理化学研究所の基礎科学特別研究員に採用されました。 I’ve been selected as a Special Postdoctoral Researcher at RIKEN (fellowship program).

2016.03.06 ChIP-Seq用のDNAモチーフ発見手法 MOCCSのソフトウェア論文が Computational Biology and Chemistry誌からオンラインで公開されました。ソフトウェアはGitHubからダウンロードできます。

2016.01.13 バイオインフォマティクスの国際会議 APBC 2016 にて、ChIP-Seq用のDNAモチーフ発見ソフトウェア MOCCS について口頭発表をおこないました。

2015.07.10 前の所属で携わった共同研究の成果がCell Reportsのオンライン版から公開されました。東大・生物化学・塩見研と共同研究で、piRNAの生合成に関与するシス因子とトランス因子を報告したものです。尾崎は配列解析とCLIP-Seqデータ解析の一部を担当しました。

2015.07.02 NGS現場の会第四回研究会にて、MOCCSについてポスター発表をしました。

2015.04.01 本年度から理化学研究所情報基盤センターバイオインフォマティクス研究開発ユニット（二階堂愛ユニットリーダー）にて特別研究員として、バイオインフォマティクス技術に関する研究を行います。

2015.03.24 博士後期課程を修了しました（博士(科学)）。大学院での５年間を通じて多くの方々にお世話になりました。この場を借りて感謝申し上げます。

2014.12.24 東京大学大気海洋研究所のMarty Wong特任助教・竹井祥郎教授との共同研究により、真骨魚類の海水適応に関連する新規遺伝子に関する論文がBMC Genomicsに掲載されました。メダカの海水移行時の時系列RNA-Seqデータを解析することにより、海水に応答する転写因子を明らかにしました。尾崎はデータ解析の一部を担当しました。

2014.11.26 分子生物学会年会で口頭発表をしました。

2014.08.29 東京大学大気海洋研究所の平瀬さんと尾崎が筆頭著者のイトヨの遺伝子コピー数変異の平行進化に関する論文がBMC Genomicsに掲載されました。イトヨの全ゲノムシーケンスデータを用いて、世界各地で独立に起こったイトヨの淡水進出において特定の遺伝子コピー数変異が選択を受けた可能性を示唆しました。

2014.05.14 UTokyo ResearchにてMCBの論文に関するプレスリリースが公開されました。

2014.04.24 MCBのArticles of Significant Interest Selected from This Issue by the Editorsにて、先日出版された哺乳類の体内時計に関する論文で開発したMOCCSが紹介されました。

2014.03.05 哺乳類の体内時計に関する論文がオンラインで出版されました。
尾崎はバイオインフォマティクスの面から、NGSデータ解析全般を担当しました。また、ChIP-seqのデータから転写因子の認識配列を正確に抽出できる手法”MOCCS”を開発し、時計タンパク質CLOCKのDNAへの結合に対するnon-canonicalな認識配列の重要性を示しました。