Publications

(* Equal contributions)

Peer-reviewed Papers

Yoshio Takei, Marty Kwok-Shing Wong, Supriya Pipil, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, and Makoto Kusakabe. Molecular mechanisms underlying active desalination and low water permeability in the esophagus of eels acclimated to seawater, American Journal of Physiology - Regulatory, Integrative and Comparative Physiology, 312: R231–R244 (2017)

Hideki Terajima, Hikari Yoshitane, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Shigeki Shimba, Shinya Kuroda, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada. ADARB1 catalyzes circadian A-to-I editing and regulates RNA rhythm, Nature Genetics, 49, 146–151 (2017)

Marty Kwok Shing Wong, Supriya Pipil, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, and Yoshio Takei., Flexible selection of diversified Na+/K+-ATPase α-subunit isoforms for osmoregulation in teleosts, Zoological Letters, 2:15 (2016)

Haruka Ozaki and Wataru Iwasaki, MOCCS: clarifying DNA-binding motif ambiguity using ChIP-Seq data, Computational Biology and Chemistry, 63, 62-72 (2016) [preprint]

Hirotsugu Ishizu, Yuka W. Iwasaki, Shigeki Hirakata, Haruka Ozaki, Wataru Iwasaki, Haruhiko Siomi, Mikiko C. Siomi. Somatic Primary piRNA Biogenesis Driven by cis-Acting RNA Elements and Trans-Acting Yb, Cell Reports, 12, 1–12 (2015)

Marty Kwok-Shing Wong, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, Yoshio Takei. Discovery of osmotic sensitive transcription factors in fish intestine via a transcriptomic approach, BMC Genomics, 15:1134 (2014)

Shotaro Hirase*, Haruka Ozaki* , Wataru Iwasaki. Parallel selection on gene copy number variations through evolution of three-spined stickleback genomes, BMC Genomics, 15:735 (2014)

Hikari Yoshitane*, Haruka Ozaki*, Hideki Terajima*, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada, CLOCK-controlled polyphonic regulations of circadian rhythms through canonical and noncanonical E-boxes, Molecular and Cellular Biology, 34(10):1776 (2014) [Press release (Japanese)]

Tsukasa Fukunaga, Haruka Ozaki, Goro Terai, Kiyoshi Asai, Wataru Iwasaki, and Hisanori Kiryu, CapR: revealing structural specificities of RNA-binding protein target recognition using CLIP-seq data, Genome Biology, 15:R16 (2014)

Papers submitted

Marty Kwok Shing Wong, Takehiro Tsukada, Nobuhiro Ogawa, Supriya Pipil, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, Yoshio Takei. Submitted.

Talks

Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Mana Umeda and Itoshi Nikaido, Single cell analysis of enhancer RNAs, RIKEN Epigenetics 2017 in Tsukuba, RIKEN Tsukuba Institute, Ibaraki. (2017/02/16-17)
Haruka Ozaki and Wataru Iwasaki, MOCCS: clarifying DNA-binding motif ambiguity using ChIP-Seq data, The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2016), San Francisco Bay Area, United States (2016/01/13)
Haruka Ozaki, Hikari Yoshitane, Hideki Terajima, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Yoshitaka Fukada, Wataru Iwasaki. MOCCS: a bioinformatic method to enumerate DNA-binding motifs from ChIP-Seq data. 第37回日本分子生物学会年会. パシフィコ横浜. 横浜. (2014/11/26)
Haruka Ozaki, Marty Wong, Yoshio Takei, Wataru Iwasaki. What underlies repeated gains and losses of osmoregulatory abilities in teleost fishes? 生命情報科学若手の会 第5回研究会. 東京大学検見川セミナーハウス.千葉.(2014/2/17) (ショートトーク)
尾崎遼, 露崎弘毅, 横山貴央. Excelによる遺伝子名の誤変換 -傾向と対策-.日本バイオインフォマティクス学会2013年年会・生命医薬情報学連合大会.タワーホール船堀.東京.(2013/10/31)
尾崎遼, 岩崎渉, 高木利久. メタゲノムデータの比較をab initioに行う手法の開発.第7回日本ゲノム微生物学会年会.長浜バイオ大学.滋賀.(2013/3/8) (ショートトーク)
尾崎遼, 岩崎渉, 高木利久. メタゲノムデータの比較をab initioに行う手法の開発.生命情報科学若手の会 第4回研究会.岡崎コンフェレンスセンター.愛知.(2013/3/1-3)(ショートトーク)
尾崎遼.ENCODE Projectで何がわかったのか.第32回 GCOE談話会,東京大学柏キャンパス,柏.(2012/10/1)

Posters

Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Mana Umeda and Itoshi Nikaido, Single cell analysis of enhancer RNAs, RIKEN Epigenetics 2017 in Tsukuba, RIKEN Tsukuba Institute, Ibaraki. (2017/02/16-17)
Haruka Ozaki and Itoshi Nikaido. ATAC2NET: A pipeline for reconstructing gene regulatory network based on ATAC-Seq data. 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016). World forum convention center, The Hague, Netherlands. (2016/09/03-07)
尾崎遼, 二階堂愛. クロマチンアクセシビリティ測定に基づく遺伝子制御ネットワークの再構築. 第10回日本エピジェネティクス研究会年会, 千里ライフサイエンスセンター. 大阪. (2016/5/19-20)
Haruka Ozaki and Itoshi Nikaido. Prediction of functional enhancers by statistical modeling of gene expression and epigenomic data. IIBMP 2015, (2015/10/29-31)
尾崎遼, 岩崎渉. ChIP-SeqデータからDNAモチーフを抽出するMOCCSとその応用. NGS現場の会 第4回研究会. つくば国際会議場. つくば. (2015/7/1-3)
尾崎遼, 二階堂愛. 深層学習技術による新規クロマチン状態の探索. 第1回 理化学研究所・産業技術総合研究所共同シンポジウム. 産業技術総合研究所 臨海副都心センター別館. お台場. (2015/6/29)
Haruka Ozaki, Hikari Yoshitane, Hideki Terajima, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Yoshitaka Fukada, Wataru Iwasaki. MOCCS: a bioinformatic method to enumerate DNA-binding motifs from ChIP-Seq data. 第37回日本分子生物学会年会. パシフィコ横浜. 横浜. (2014/11/26)
尾崎遼, Marty Wong, 竹井祥郎, 岩崎渉. 遠縁種の比較トランスクリプトームによる魚の海水適応の分子基盤探索. 生命情報科学若手の会第6回研究会. 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター(理研CDB). 神戸. (2014/10/29)
尾崎遼, Marty Wong, 竹井祥郎, 岩崎渉. 進化解析とトランスクリプトーム解析で迫る真骨魚類の塩適応能力の進化的基盤. 第14回 東京大学生命科学シンポジウム(BIO UT). 東京大学本郷キャンパス. 東京. (2014/4/26)
Haruka Ozaki, Marty Wong, Yoshio Takei, Wataru Iwasaki. Investigation on the evolution of osmoregulation mechanism of teleost fishes. グローバルCOE「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」ワークショップ2013. 東京大学柏キャンパス. 千葉. (2014/03/20)
Haruka Ozaki, Marty Wong, Yoshio Takei, Wataru Iwasaki. What underlies repeated gains and losses of osmoregulatory abilities in teleost fishes? 生命情報科学若手の会第5回研究会. 東京大学検見川セミナーハウス.千葉.(2014/2/17-19)
Haruka Ozaki, Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi. Investigation on transcription factor binding mechanism by enumerating DNA-binding motifs from ChIP-Seq data.第36回日本分子生物学会年会.神戸ポートアイランド.神戸.(2013/12/4)
Haruka Ozaki, Marty Wong, Yoshio Takei, Wataru Iwasaki. Investigation on evolution of osmoregulation mechanism of euryhaline fish by using temporal RNA-seq analsysis.International Workshop OIST Hands-on training at OIST: Practical course on analysis of high throughput (HTSA 2013).OIST.Okinawa.(2013/9/29)
尾崎遼, Marty Wong, 竹井祥郎, 岩崎渉. トランスクリプトーム時系列解析で迫る広塩性魚の浸透圧調整メカニズムの進化.次世代シークエンサー現場の会第三回研究会.神戸国際会議場.神戸.(2013/9/4)
尾崎遼, 岩崎渉, 高木利久. メタゲノムデータの比較を ab initio に行う手法の開発.第7回日本ゲノム微生物学会年会.長浜バイオ大学.滋賀.(2013/3/8)
尾崎遼, 岩崎渉, 高木利久. メタゲノムデータの比較を ab initio に行う手法の開発.生命情報科学若手の会 第4回研究会.岡崎コンフェレンスセンター.愛知.(2013/3/1-3)
尾崎遼, 岩崎渉, 高木利久. ChIP-Seqデータからの結合モチーフの列挙.グローバルCOE「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」ワークショップ2012.東京大学柏キャンパス.柏.(2012/11/2)
Haruka Ozaki, Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi. Enumerating DNA-binding motifs from ChIP-seq data. Bioinformatics week in Odaiba 2012 (BiWO2012),産業技術総合研究所生命情報工学研究センター,東京.(2012/10/31-11/1)
Haruka Ozaki, Wataru Iwasaki, Toshihisa Takagi. Enumerating DNA-binding motifs from ChIP-seq data. 2012年日本バイオインフォマティクス学会年会(生命医薬情報学連合大会),タワーホール船堀,東京.(2012/10/15-17)
尾崎遼.mRNA-seqデータを用いたRNAエディティング検出手法の検討.次世代シークエンサー現場の会第二回研究会,ホテル阪急エキスポパーク,大阪.(2012/5/24)
尾崎遼.NGSを用いた転写制御の時系列解析.次世代シークエンサー現場の会第一回研究会,熱海ニューフジヤホテル,熱海.(2011/5/28)

Others

堀之内貴明, 尾崎遼, 大上雅史. 生命情報科学若手の会,「日本の AI 元気な若手の動き」, 人工知能 32巻2号 (2017)
岩崎渉, 尾崎遼. NGSデータ解析.実験医学 Vol.32 No.20 (2014)
尾崎遼, 岩崎渉. ENCODEプロジェクトで明らかになったこと.細胞工学 Vol.32 No.1 (2013)